A Rede PPBio Mata Atlântica está organizada em três eixos temáticos, correspondentes aos três projetos associados que estruturam sua atuação científica: Inventários Biológicos, Serviços Ecossistêmicos e Cenários da Biodiversidade. Esses eixos são interdependentes: os inventários geram dados padronizados sobre a biodiversidade; o eixo de serviços ecossistêmicos relaciona esses dados aos benefícios fornecidos pela natureza; e o eixo de cenários analisa as transformações da paisagem, projeta futuros possíveis e aproxima o conhecimento científico das políticas públicas e das relações entre pessoas e natureza.